A Fundação Dr. António Agostinho Neto segue as melhores práticas de governança institucional, fortalecendo sempre a relação de confiança que estabeleceu com todas as partes envolvidas: pessoas singulares, doadores, fornecedores, empresas patrocinadoras, funcionários, Governo e a comunidade em geral.
Dentre as práticas adoptadas, estão a transparência na divulgação de suas informações, o estabelecimento de mecanismos de controlo dos órgãos de administração e uma estrutura que visa assegurar a divisão apropriada das responsabilidades operacionais e de gestão.